岡田師在其御論文中提到：
『在自然栽培中，作物能夠自由伸展，因此根能夠大幅成長，收成也會大幅提升』。
實際上，若將慣行農法、有機農法與自然農法下栽培的作物進行根系比較，確實能觀察到顯著差異。
自然農法中根系成長的特徵
自然農法強調的是土壤的健康，不使用化學肥料與農藥，在這樣的栽培方式下，土壤中的微生物活動活躍，作物所需的營養能夠自然供應，因而促使根部向下深深延伸。具體特徵如下：
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根的深度：在自然農法下生長的作物，其根系可延伸至超過一公尺的深度。這是因為土壤的物理性質良好，根系能夠順利吸收水分與營養的環境條件已臻完備。
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水分吸收：由於自然農法下的土壤鬆軟且通氣性良好，根部可深層延展以吸取水分，因此即使遇到颱風或乾旱等天候異常，也具備較高的抗逆性，使作物不易倒伏。
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連作效果：自然農法透過微生物活動來營造適合作物生長的環境，因此即使連作，產量仍有提升的情形。這是因為土壤保持健康，根部也能良好發育之故。
與慣行農法的比較
在慣行農法中，化學肥料與農藥的過度使用雖可促進作物迅速生長，卻常使根部僅淺層發展。這是因為土壤因肥料偏重而造成養分分布失衡，使得作物無需向下深入尋求養分。長此以往，土壤健康惡化、微生物活性減弱，甚至導致作物的營養價值降低。
自然農法是一種有效促進作物根系深層發展、維持土壤健康的耕作方式。相對而言，慣行農法為了追求短期收成，往往犧牲了根部發展與土壤的生命力。因此，若要邁向可持續的農業，自然農法的實踐無疑具有極其重要的意義。
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